Shopify Payment Fees Compared: Plan-by-Plan Breakdown
Shopifyでストアを運営するうえで、地味に利益を削っていくのが 決済手数料 です。
「Shopify Paymentsを使えば安いらしい」「上位プランだと手数料が下がるらしい」。なんとなく知っていても、具体的にいくら違うのかを把握している人は意外と少ない。
この記事では、2026年3月時点の公式情報をもとに、 プラン別・決済方法別の手数料を早見表で一気に比較 します。月商ごとのコストシミュレーションも用意したので、自分のストアにとってどの選択がベストかを数字で判断できます。
- Shopify Payments（ショッピファイ ペイメント）
Shopifyが公式に提供する決済サービス。クレジットカード決済・Apple Pay・Google Pay・Shop Payに対応し、外部プロバイダーを使うときに発生する 取引手数料（0.6〜2.0%）が0% になるのが最大のメリットです。日本では主要カードブランド（Visa・Mastercard・JCB・Amex）すべてに対応しています。
出典：Shopify Payments の手数料 - Shopify公式ヘルプ
Shopify Paymentsのプラン別手数料早見表
まずは、ほとんどのストアオーナーがメインで使う Shopify Payments の手数料をプラン別に整理しました。
| 項目 | Basic（4,850円/月） | Grow（13,500円/月） | Advanced（58,500円/月） |
|---|---|---|---|
| 国内カード手数料 | 3.55% | 3.4% | 3.25% |
| 海外カード・Amex | 3.9% | 3.85% | 3.8% |
| 外部決済の取引手数料 | 2.0% | 1.0% | 0.6% |
| JCB | 3.55% | 3.4% | 3.25% |
国内カード手数料 に注目してください。BasicとAdvancedの差は0.3%。わずかに見えますが、月商100万円なら月3,000円、年間36,000円の差になります。
外部決済サービスの手数料一覧
Shopify Paymentsだけではカバーしきれない決済手段を追加する場合、外部プロバイダーを利用します。ここで覚えておきたいのが、 外部プロバイダーの手数料に加えて、Shopify側の取引手数料が上乗せされる という点です。
たとえばBasicプランでKOMOJU経由のコンビニ決済を使うと、KOMOJUの手数料（2.75%）＋Shopifyの取引手数料（2.0%）＝ 合計4.75% がかかります。Shopify Paymentsならこの取引手数料が0%になるため、カード決済はShopify Paymentsに任せるのが鉄則です。
| 決済サービス | 対応決済手段 | サービス手数料（税別） | Shopify取引手数料（Basic） |
|---|---|---|---|
| KOMOJU | コンビニ・銀行振込・PayPay | 2.75〜3.5% | +2.0% |
| Amazon Pay | Amazonアカウント決済 | 3.9% | +2.0% |
| PayPal | PayPal残高・クレカ | 3.6%＋¥40/件 | +2.0% |
| SBペイメント | キャリア決済・コンビニ | 4.0〜5.0% | +2.0% |
| GMOイプシロン | マルチ決済 | 3.2〜3.6% | +2.0% |
※各プロバイダーの手数料は2026年3月時点。プランや契約条件により変動する場合があります。
出典：各サービス公式サイト（KOMOJU・Amazon Pay・PayPal）
年間コストシミュレーション
「結局、手数料でどれくらい差が出るの？」を見える化しました。国内カード決済が売上の80%を占めると仮定して、Shopify Paymentsのカード手数料だけで年間コストを試算しています。
計算式：月商 × 80%（カード決済比率） × カード手数料率 × 12か月。実際の手数料は決済方法の構成比やカード種別（国内/海外）により変動します。
では、同じ月商でプランを変えた場合にどうなるか。月商100万円のストアを例に比較してみます。
※ 年間コスト＝月額料金（月払い）×12＋年間カード手数料（国内80%・3.55%/3.4%/3.25%）
月商100万円の場合、手数料を含めた 総コストではBasicが最安 になります。ただしGrowプランではスタッフ5名・標準レポートが使えるため、チーム運営なら月額差以上の価値があります。
手数料を抑えるための5つのポイント
- Shopify Paymentsを必ず有効化する。 取引手数料が0%になるだけで、年間数万〜数十万円の節約になる
- カード決済はShopify Paymentsに集約する。 外部プロバイダー経由のカード決済は取引手数料が上乗せされるため損
- 年払いでプラン料金を割引にする。 Basicなら月額3,650円、Growなら月額10,100円に
- 月商が伸びたらプランのアップグレードを検討する。 手数料率の差で月額差額を回収できるラインを計算してから判断
- 外部プロバイダーはコンビニ・QR決済など、Shopify Paymentsで対応できない手段だけに使う。 必要最小限に絞ってコストを抑える
よくある質問
Shopify Paymentsを無効にして外部プロバイダーだけで運営すると、すべての決済に対してShopify側の取引手数料（Basicなら2.0%、Growプランなら1.0%、Advancedなら0.6%）が上乗せされます。月商100万円・Basicプランの場合、それだけで年間24万円の追加コストです。特別な理由がない限り、Shopify Paymentsは有効にしておくべきです。
いいえ。2023年以降、Shopify PaymentsでのJCB手数料は国内カードと同率（Basicで3.55%、Growで3.4%、Advancedで3.25%）に統一されています。Amexは海外カードと同じ3.8〜3.9%の扱いになるので注意してください。
PayPayやコンビニ決済は外部プロバイダー（KOMOJU等）経由になるため、プロバイダーの手数料＋Shopifyの取引手数料が発生します。取引手数料を抑えるには上位プランへのアップグレードが有効です。またKOMOJUは取引量に応じた割引プランを用意しているので、月商が増えてきたら個別交渉も検討してみてください。
海外発行のカードは、国際ブランドのインターチェンジフィー（カード発行会社に支払う手数料）が国内カードより高く設定されています。そのためShopify Paymentsでも海外カード・Amexは3.8〜3.9%と、国内カード（3.25〜3.55%）より高めの料率になっています。
Shopify Paymentsの手数料は、売上金の入金時に自動で差し引かれます。たとえば10,000円の決済でBasicプラン（3.55%）なら、355円が差し引かれた9,645円が口座に入金されます。明細はShopify管理画面の「決済」→「支払い」からいつでも確認できます。
まとめ
Shopifyの決済手数料は、 「どのプランを使うか」 と 「どの決済方法を使うか」 の2つで決まります。
まずはShopify Paymentsを有効にして、月商が伸びてきたタイミングでプランの見直しを検討する。この順番で進めれば、無駄な手数料を払わずにストアを運営できます。
決済方法の設定手順や選び方の詳細は、こちらの記事でまとめています。
プラン自体の機能比較を詳しく知りたい方は、料金プラン比較の記事も参考にしてみてください。
この記事はShopify予約アプリ「まるっと予約」の開発元であるPepinが執筆しています。
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