Shopifyと会計ソフトを連携する方法【2026年版】

Shopifyと会計ソフトの連携は、2026年9月時点ではfreee会計だけがアプリ経由の自動記帳に対応しています。マネーフォワード クラウドは2023年6月30日にShopifyとの直接連携を終了していて、弥生シリーズはもともと直接つながっていません。つまり「自動で仕訳まで入れたいならfreee、それ以外はCSVを書き出して取り込む」というのが現状の答えです。

この前提を知らないまま会計ソフトを決めてしまうと、あとから毎月CSVを触る運用に変わって面食らうことになります。ここでは3つのソフトそれぞれの連携方法と、公式ページで確認した料金、つまずきやすいポイントを順番に見ていきます。

クラウド会計ソフト

インターネット上で利用できる会計ソフトのこと。銀行口座やクレジットカードの取引を自動で取り込み、仕訳を効率化できます。個人事業主から法人まで、確定申告や決算書の作成に広く利用されています。代表的なサービスにfreee会計、弥生シリーズ、マネーフォワード クラウドがあります。

なぜShopifyと会計ソフトの連携が必要なの？

Shopifyの管理画面では売上レポートや決済データを確認できますが、そのままでは会計帳簿として使えません。確定申告や法人の決算には、勘定科目ごとに仕訳された帳簿データが必要だからです。

もうひとつ見落とされがちなのが、Shopifyペイメントの入金が「手数料を差し引いたあとの純額」で振り込まれる点です。銀行口座だけを会計ソフトに連携していると、帳簿には入金額しか残りません。売上高と支払手数料を分けて記帳するには、Shopify側の注文データを持ってくる必要があります。

同じことが取引先に渡す書類にも当てはまります。日本の商慣習に合う請求書はShopify標準では発行できないため、Shopifyの請求書・帳票アプリをインボイス対応で選ぶ5つの軸 もあわせて確認しておくと、帳簿づくりと書類発行で二重に手を動かさずに済みます。

連携そのものより先に詰まりやすいのが、Shopifyの税額と会計ソフトの税額が1円合わない問題です。Shopifyは商品行ごとに税を丸めますが、適格請求書は書類1枚につき税率ごとに1回しか丸められません。この食い違いの中身はShopifyのインボイス制度対応に、お客様へ渡す領収書の出し方はShopifyで領収書を発行する方法に分けて書いています。

帳簿をきちんと残すことは、そのまま控除額にも響きます。青色申告特別控除は、正規の簿記の原則にもとづいて記帳したうえで、e-Taxによる電子申告または優良な電子帳簿の要件を満たすと最高65万円になります。簡易な記帳だけの場合は最高10万円です。

出典：国税庁 No.2070 青色申告制度

そもそもどの会計ソフトを契約するかをまだ決めていない場合は、ソロプレナーの会計ソフト選びに3社の料金と、令和9年分から変わる控除の要件をまとめてあります。Shopifyとの連携のしやすさだけで決めると、消費税申告の機能が付いていないプランを選んでしまうことがあります。

Shopifyと会計ソフトの連携方法は2つ

やり方は大きく2通りです。どちらを選ぶかで、毎月かかる手間がかなり変わります。

どちらの方法でも、Shopifyアプリストアの連携アプリを間に挟むことになります。Shopify標準の機能だけでできるのは注文のCSVエクスポートまでで、会計ソフトが読める形には整形されません。

Shopify標準のエクスポートには件数によるふるまいの違いもあります。最大50件または現在のページを選んだ場合はその場でダウンロードされますが、51件以上または日付で範囲を指定した場合はCSVがメールで届きます。

出典：Shopifyヘルプセンター 注文のエクスポート

書き出したCSVは会計ソフトへの取り込みだけでなく、電子取引データの索引簿としても使えます。その使い方と、保存義務そのものの要件はShopifyの電子帳簿保存法対応で整理しています。

Shopifyと会計ソフトの連携は、どれを選べばいい？

連携のしやすさだけで見ればfreee会計が有利です。ただし会計ソフトは数年単位で使うものなので、料金と、税理士が使い慣れているかどうかも一緒に見たほうが後悔しません。

個人事業主向けプランの年額を並べると、3社の差はそれほど大きくありません。

出典：freee 個人事業主向け料金プラン、マネーフォワード クラウド確定申告の料金、弥生シリーズ価格（料金）表

法人向けになると差が開きます。freee会計は法人スターターが月額5,480円、スタンダードが月額8,980円（いずれも年払い・従量課金別）。マネーフォワード クラウドはひとり法人プランが年払いで月額2,480円、スモールビジネスプランが月額4,480円。弥生の法人向けクラウドは弥生会計 Nextのエントリープランが年額34,800円です。いずれも税抜表示です。

出典：freee 法人向け会計料金プラン、マネーフォワード クラウド 価格・料金プラン

• 連携の手間をいちばん減らしたい → freee会計とfreee向け連携アプリ
• 税理士がすでに弥生を使っている → 弥生シリーズ＋CSV取り込み
• すでにマネーフォワードで経理が回っている → CSV取り込みと口座連携の併用
• 注文件数が月50件未満でしばらく増えない → まずCSVで様子を見る

freee会計との連携はどう設定する？

画像出典：freee会計

freee会計向けには、グルーヴィーメディア社の「かんたんfreee会計データ連携」というShopifyアプリが提供されています。注文データをfreee会計へ毎日自動で送り、決済手数料・送料・割引・消費税にそれぞれ別の勘定科目を割り当てられるのが特徴です。軽減税率とShopify POSにも対応しています。

Shopifyペイメントの決済手数料を記帳できるので、freee会計側に残った未決済取引の消込もそのまま進められます。Shopifyの商品在庫を棚卸として記帳する支援機能も用意されています。

料金プラン（2026年9月時点）

無料プランはありません。ライトプランのみ7日間の無料体験が付いています。記帳件数が各プランの上限を超えると、1件あたりの従量課金が乗ります。

出典：かんたんfreee会計データ連携 - Shopify App Store

過去の注文をさかのぼって連携できる期間がプランごとに決まっている点は、見落としやすいので気をつけてください。ライトプランでは過去1か月分までしか戻れないので、決算期にまとめて処理しようとすると足りなくなります。

設定の手順

1. 1

   Shopifyアプリストアからインストールする

   「かんたんfreee会計データ連携」を検索し、ストアへのアクセス権限を確認したうえでインストールします。
2. 2

   freeeの事業所と接続する

   アプリの設定画面からfreee会計にログインし、連携したい事業所を選んでアクセスを許可します。
3. 3

   勘定科目を割り当てる

   売上・決済手数料・送料・割引・消費税に、それぞれ対応する勘定科目を指定します。「記帳しない」「商品の勘定科目に合わせる」も選べます。
4. 4

   自動連携か手動連携かを決める

   自動にすると毎日決まったタイミングでfreee会計へ送られます。手動なら期間を指定して実行します。
5. 5

   短い期間で試してから本番に切り替える

   まず数日分だけ手動で連携し、freee会計側の仕訳が想定どおりか確認してから自動に切り替えます。

弥生の会計ソフトにShopifyの売上を取り込むには？

画像出典：弥生株式会社

弥生シリーズはShopifyとの直接的なAPI連携に対応していません。連携アプリから弥生会計向けのCSVを出力し、弥生側の「スマート取引取込」で読み込むのが基本の流れになります。

ここで先に押さえておきたいのが、2026年時点の製品ラインアップの変化です。法人向けクラウドの「弥生会計 オンライン」は新規契約の受付を終了していて、いま新しく契約できる法人向けクラウドは「弥生会計 Next」になっています。すでに契約している人はそのまま使い続けられます。

出典：弥生会計 オンライン - 弥生株式会社

スマート取引取込は、弥生会計（デスクトップ）・やよいの青色申告 オンライン・やよいの白色申告 オンライン・弥生会計 オンラインから起動できます。連携したデータは「未確定の取引」画面に入り、そこで科目や摘要を直してから仕訳として登録する流れになります。

出典：外部サービスとの連携の流れ - 弥生会計（スマート取引取込）、連携するサービスの追加 - 弥生会計（スマート取引取込）

CSVを出力するアプリ

弥生会計向けのCSVは、グルーヴィーメディア社の「CSVダウンロード」アプリで出力できます。マネーフォワード・弥生会計・勘定奉行・ジョブカン会計といった会計サービス向けのフォーマットを持っているアプリです。

無料プランでも注文データのCSVは出せますが、1度に最大50件までで、会計サービス向けのフォーマットは有償のプロフェッショナルプラン（月額$20、14日間の無料体験つき）の機能になっています。プロフェッショナルプランでは1度に最大5,000件まで出力できます。

出典：CSVダウンロード - Shopify App Store

取り込みの手順

1. 1

   弥生会計向けフォーマットでCSVを出す

   「CSVダウンロード」アプリで出力期間と税区分を指定し、弥生会計向けのCSVをダウンロードします。
2. 2

   スマート取引取込を起動する

   弥生会計またはやよいの青色申告 オンラインからスマート取引取込を開きます。
3. 3

   ファイルを読み込む

   ダウンロードしたCSVを取り込みます。取り込まれたデータは「未確定の取引」に並びます。
4. 4

   科目を確認してから登録する

   勘定科目と金額を確認し、必要なら直したうえで仕訳として登録します。取り込む取引を選ぶこともできます。

マネーフォワード クラウドとの連携は今どうなっている？

画像出典：マネーフォワード クラウド

マネーフォワード クラウド会計・確定申告は、Shopifyとのデータ連携を2023年6月30日に終了しています。公式のお知らせでは、明細の自動取得で問題が発生していたことに加え、連携に使っていたShopify APIが使えなくなることが理由として説明されています。連携終了後に取得済みの明細が消えることはありません。

1. 2023年6月14日

   連携終了のお知らせが公開される

   新規連携と再連携はこの時点ですでに停止していました。
2. 2023年6月30日

   Shopifyとのデータ連携が終了

   以降、明細の自動取得は行われなくなりました。
3. 2026年9月時点

   公式の自動連携は再開していない

   仕訳帳のインポート、または振替伝票での手入力が案内されています。

出典：「Shopify」とのデータ連携終了について - マネーフォワード クラウド会計サポート

仕訳帳インポートの手順

1. 1

   マネーフォワード向けのCSVを出力する

   「CSVダウンロード」アプリの出力フォーマットでマネーフォワードを選び、期間を指定してダウンロードします。
2. 2

   サンプルフォーマットに合わせる

   「会計帳簿」→「仕訳帳」→「インポート」からサンプルフォーマットを落とし、列の並びを合わせます。指定のフォーマット以外は受け付けません。
3. 3

   ファイルを選んでインポートする

   「仕訳帳（CSVファイル）のインポート」画面でファイルを選び、列の項目を確認して実行します。通常は自動で対応づけられます。
4. 4

   勘定科目のマッチングを処理する

   登録済みの勘定科目と名称が完全一致しない場合は、「追加」か「変換」を選びます。どちらも選ばないと「未確定勘定」として取り込まれます。

出典：「仕訳帳」をインポートする - マネーフォワード クラウド会計サポート

CSV連携でつまずきやすい4つのこと

CSVでの取り込みは、仕組みそのものより運用でつまずきます。実際に公式ガイドに書かれている制約のうち、影響が大きいものを4つ挙げます。取り込んだあとで消費税額が数円合わない場合は、Shopifyの消費税の端数が会計ソフトと合わない理由に、3社それぞれの端数処理設定と突き合わせの手順をまとめてあります。

1. 01

   同じ期間を二度取り込むと二重計上になる

   マネーフォワードの仕訳帳インポートは、実行するたびに新しい仕訳が登録されます。登録済みの仕訳が更新されるわけではないので、取り込み済みの期間を管理する必要があります。
2. 02

   会計年度をまたぐファイルは通らない

   操作中の会計年度の外にある取引日は取り込めません。期末付近のデータは、年度を切り替えてから入れます。
3. 03

   勘定科目の名前が1文字違うと止まる

   名称が完全一致しないとマッチング画面が出ます。勘定科目の名称は30字までで、31字目以降は削除されて取り込まれます。
4. 04

   出力の上限で月末に引っかかる

   「CSVダウンロード」の無料プランは1度に50件までです。注文が増えてきた月に、出力そのものが分割されて抜けが出ます。

取り込み済みの期間をどこかに記録しておくだけで、この4つのうち2つは防げます。スプレッドシート1枚で十分です。

連携時に決めておきたい勘定科目

連携設定でいちばん時間がかかるのが勘定科目の割り当てです。基本的なパターンを整理しておきます。

経費の考え方そのものを整理したい場合は、ECサイト運営者の確定申告ガイドに勘定科目と節税の話をまとめています。決済手数料の水準が気になる方はShopifyペイメントの手数料と決済方法の比較もあわせてどうぞ。

よくある質問

まとめ：Shopifyと会計ソフトの連携で最初にやること

Shopifyと会計ソフトの連携は、ストア運営の裏側を支える地味なインフラです。最後に、着手する順番だけ整理しておきます。

どの会計ソフトを使うにしても、大切なのは早めに設定して日々の記帳を溜め込まないことです。1年分をまとめて処理する苦行は、連携の仕組みをひとつ決めるだけで避けられます。

まだShopifyストアを持っていない方は、まずは無料体験から始めてみてください。会計ソフトとの連携も、ストアを開設してからすぐに設定できます。

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