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Shopify電子帳簿保存法電子取引

Shopifyの電子帳簿保存法対応｜電子取引の保存義務

Shopifyストアの注文でやり取りしている請求書PDFや注文確認メールは、電子帳簿保存法でいう「電子取引」にあたります。やることは3つです。データをデータのまま残すこと、改ざん防止の措置をひとつ選ぶこと、そして検索できる状態にすること。ただし3つ目には大きな免除があり、判定期間に係る基準期間の売上高が5,000万円以下であれば、検索機能の確保そのものが不要になります。小規模なストアほど、ここを先に確認したほうが早く終わります。

この記事が扱うのは 注文まわりの電子取引データをどう保存するか だけです。適格請求書に何を書くかはShopifyのインボイス対応と適格請求書の6項目、帳票アプリの選び方はShopifyの請求書アプリはどう選ぶ？、見積書の扱いはShopifyで見積書を発行する3つの方法にそれぞれ置いてあります。重なる話は書かずに、リンクで渡します。

わたし（SHIN）はShopifyアプリの開発者で、この記事の後半で名前を出す「まるっと請求書」を作っている本人です。そしてわたしは税理士ではありません。この記事の法令にかかわる記述は、すべて国税庁のページと一問一答（電子取引関係）の本文を開いて確認した内容だけで書いています。それでも、自社がどの緩和に当てはまるか、どの改ざん防止措置を選ぶべきかという判断は、事業の実態を見ないと決まりません。最終的な判断は、顧問税理士または所轄の税務署に確認してください。

5,000万円

検索要件が不要になる売上高

判定期間に係る基準期間の売上高。通常は2年前

国税庁一問一答【電子取引関係】問51

3項目

検索の条件にできる必要がある項目

取引年月日その他の日付・取引金額・取引先

国税庁一問一答【電子取引関係】問48

2024年1月

出力書面だけの保存が終わった時期

令和5年12月31日で宥恕措置が期限切れ

国税庁一問一答【電子取引関係】問89

Shopifyストアの取引も電子帳簿保存法の対象になる？

なります。しかも、受け取った書類だけの話ではありません。

電子取引: 取引情報（注文書、契約書、送り状、領収書、見積書その他これらに準ずる書類に通常記載される事項）の授受を、電磁的方式で行う取引のことです。国税庁は具体例として、EDI取引、インターネット等による取引、電子メールにより取引情報を授受する取引（添付ファイルによる場合を含む）、インターネット上にサイトを設けてそのサイトを通じて取引情報を授受する取引などを挙げています。

出典：国税庁「電子帳簿保存法の概要」

「インターネット上にサイトを設け、そのサイトを通じて取引情報を授受する取引」という一文が、そのままECストアの説明になっています。お客様が注文して、自動で注文確認メールが飛び、マイページから領収書をダウンロードする。この流れは全部が電子取引です。

もうひとつ見落とされやすいのが、 自分が出した側の控えも対象 だという点です。所得税法と法人税法は、取引に関して相手方から受け取った書類だけでなく、自己が作成した書類でその写しのあるものはその写しを保存することとしています。電子帳簿保存法の電子取引データの保存範囲も、これを紙で保存する場合の範囲と変わりません。ストアから発行した請求書PDFの控えは、ストア側で残す必要があります。

出典：国税庁「電子帳簿保存法一問一答（Q&A）」

対象になるのは売上まわりだけではありません。国税庁は、仕入以外の事業上の費用（水道光熱費や旅費交通費など）に係るものも保存範囲に含まれるとしています。ストアの経費で使っているSaaSの請求書PDFや、配送業者のマイページから落とす明細も同じ扱いです。

誰に保存義務があるの？

電子取引データの保存義務は、 所得税（源泉徴収に係る所得税を除きます）および法人税に係る保存義務者 に課されています。個人事業主として副業でストアを運営している場合も、法人として運営している場合も、どちらも入ります。

ややこしいのは消費税との関係です。国税庁は、消費税法令において保存することとされている電子データについては、その保存の有無が税額計算に影響を及ぼすことなどを勘案して、令和4年1月1日以後も引き続き書面に出力して保存することも認められるとしています。つまり 消費税の仕入税額控除だけを見れば紙でも通るが、所得税・法人税の側ではデータ保存が必要 という、ねじれた状態になっています。紙で足りると書いてある記事を見かけたら、消費税の話だけを切り出している可能性があります。

紙に印刷して保存するだけでは足りない？

足りません。ここには経緯があり、その経緯を知らないまま古い記事を読むと判断を間違えます。

令和3年度改正
出力書面による保存が廃止
電子データのまま保存することが原則に
それまで認められていた「電子データを出力した書面等の保存をもって電子データの保存に代えることができる措置」が廃止されました。
2022年1月〜2023年12月
宥恕措置（ゆうじょそち）の期間
事実上、出力書面だけの保存でよかった
やむを得ない事情があると税務署長が認め、出力書面の提示等ができるようにしていれば、その出力書面等の保存をもって対応しているものとして取り扱われていました。
2023年12月31日
宥恕措置が期限切れで廃止
ここが分かれ目
適用期限の到来をもって廃止されました。2024年以降の話をしている記事かどうかは、ここで見分けられます。
2024年1月1日以後
猶予措置に切り替わり
出力書面だけの保存は認められない
相当の理由があると認められる場合には保存時の要件が不要になりますが、電子データ自体の保存は必要です。

国税庁は、宥恕措置と猶予措置の違いをはっきり書いています。令和5年12月末までの宥恕措置では出力書面のみを保存する方法で対応することが認められていたが、令和6年1月以降の猶予措置では出力書面のみで対応することは認められておらず、出力書面の提示等に加えて電子データそのものも保存しておく必要がある、という整理です。

出典：国税庁「電子帳簿保存法一問一答【電子取引関係】（令和8年7月）」

「電帳法は結局、紙でよくなった」という説明が今でも残っています。それは2023年12月31日までの宥恕措置の話です。2024年1月1日以後に行う電子取引については、印刷したものだけを綴じて保存する運用は認められません。

なお、要件どおりにデータを保存したうえで、管理の便宜のために紙に印刷して手元に置くことは禁止されていません。国税庁も、電子データを削除せず保存要件に沿って保存したうえで書面に出力して他の書類と一緒に整理することは問題ないとしています。禁じられているのは「紙だけにすること」です。

電子取引データを保存するとき、何を満たせばいい？

要件は大きく2つ、真実性の確保と可視性の確保です。国税庁の一問一答は、電子取引の保存要件を次のように整理しています。

01
システム概要書の備付け
自社開発のプログラムを使用する場合に限り、電子計算機処理システムの概要を記載した書類を備え付けます。市販のクラウドやアプリを使うだけなら不要です。
02
見読可能装置の備付け等
ディスプレイとプリンタ、操作説明書を備え付け、整然とした形式と明瞭な状態で速やかに出力できるようにしておきます。
03
検索機能の確保
取引年月日その他の日付・取引金額・取引先を検索の条件にできること。日付と金額は範囲指定ができること。2つ以上の項目を組み合わせられること。
04
改ざん防止の措置
次の4つのうち、いずれかを行います。ここが「どれを選ぶか」の分かれ道です。

改ざん防止の措置は、どれを選べばいい？

選択肢は4つで、保存義務者が自由に選べます。しかも国税庁は、授受したデータの様態に応じて複数の措置が混在しても差し支えないとしています。

措置	中身	ECストアでの現実味
タイムスタンプ付きで受領	相手がタイムスタンプを付けて送ってくる	相手次第。自分では決められない
自分でタイムスタンプを付す	授受後、速やかに付与する	有料サービスの契約が必要
訂正削除の履歴が残るシステム	訂正・削除の記録が残るか、できない仕組みで授受と保存を行う	対応サービスの導入が前提
事務処理規程	訂正削除の防止に関する規程を定め、備え付け、運用する	費用ゼロ。多くの小規模事業者はこれ

出典：国税庁「電子帳簿保存法一問一答【電子取引関係】（令和8年7月）」

4つ目の事務処理規程は、国税庁がWordのサンプルを配布しています。法人の例と個人事業者の例が別々に用意されているので、自分の形態に合うほうをダウンロードして、社名や運用のルールを埋めるところから始められます。索引簿の作成例（Excel）も同じページにあります。

出典：国税庁「参考資料（各種規程等のサンプル）」

規程は、作って置いておくだけでは足りません。条文が求めているのは「定め、備付け、運用する」ことです。訂正や削除が必要になったときに規程どおりの手順を踏んだ記録が残っていないと、運用しているとは言えません。

検索要件が免除されるのはどんな事業者？

小規模なストアにとって、この記事でいちばん重要なのがここです。検索機能の要件には段階的な緩和があります。

1
ダウンロードの求めに応じられるようにしている場合
税務職員による質問検査権に基づくダウンロードの求めに応じることができるようにしている場合、範囲指定と組み合わせ検索の2つが不要になります。残るのは「3項目を検索条件に設定できること」だけです。
2
基準期間の売上高が5,000万円以下の場合
上のダウンロード対応をしたうえで、判定期間に係る基準期間の売上高が5,000万円以下であれば、すべての検索機能の確保が不要になります。
3
出力書面を整理して提示できる場合
電磁的記録を出力した書面を、取引年月日その他の日付および取引先ごとに整理したものを提示・提出できるようにしている場合も、すべての検索機能の確保が不要になります。

出典：国税庁「電子帳簿保存法一問一答【電子取引関係】（令和8年7月）」

5,000万円はいつの売上で判定するの？

判定の仕方まで一問一答に書かれています。 個人事業者は、電子取引が行われた日の属する年の前々年の1月1日から12月31日までの期間の売上高 、 法人は、電子取引が行われた日の属する事業年度の前々事業年度の売上高 が5,000万円を超えるかどうかで判断します。通常は2年前です。

数字の拾い方にも注意点があります。

税抜で判断する基準期間における売上高は、消費税および地方消費税の額を除いた税抜金額で判断します。
非課税売上も含める消費税法上の課税売上高と違い、非課税売上額が含まれます。免税事業者や簡易課税を選んでいても、非課税売上を足すと5,000万円を超えるなら該当しません。
営業外収益や特別利益は含めない規則が「売上高」と規定しているため、営業外収入や雑収入は入りません。一時的に保有する資産の売却額も含まれません。
開業1年目・2年目は基準期間がない基準期間がない新規開業者や新設法人の初年（度）・翌年（度）は、検索機能の確保が不要になります。

出典：国税庁「電子帳簿保存法一問一答【電子取引関係】（令和8年7月）」

2023年12月31日までに行う電子取引については、この基準は1,000万円でした。令和5年度の税制改正で5,000万円に引き上げられています。古い記事が1,000万円と書いていたら、改正前の数字です。

書面で整理する方法も認められる？

認められます。ただし整理の仕方が決まっています。国税庁は、課税期間ごとに日付順にまとめたうえで取引先ごとに整理する方法、課税期間ごとに取引先ごとにまとめたうえで日付順に整理する方法、書類の種類ごとに同じように整理する方法の3つを挙げています。

そのうえで、税務調査のときに慌てて印刷して並べるのでは間に合わないとも書いています。遅滞なく提示等ができるように書面出力して整理しておく準備を事前にしていなかった場合、要件を満たしていないと判断される可能性があるという表現です。日頃から出力して整理しておくことが前提の緩和だと考えてください。

免除されるのは検索機能の確保だけです。改ざん防止の措置と、電子データそのものの保存は、売上規模にかかわらず必要です。「うちは5,000万円以下だから電帳法は関係ない」は誤りです。

猶予措置を使えるのはどんなとき？

検索要件の免除とは別に、保存時の要件そのものを外せる猶予措置があります。2024年1月1日以後の電子取引が対象です。

猶予措置が使える場合

システムやワークフローの整備が間に合わない

国税庁は「相当の理由」の例として、電磁的記録そのものの保存は可能であるものの、要件に従って保存するためのシステム等や社内のワークフローの整備が間に合わない等といった、要件に従って保存を行うための環境が整っていない事情を挙げています。

検索機能の準備が間に合わない

検索機能の確保の要件を満たす準備が間に合わない場合も、データ自体を保存し、データと出力書面の提示・提出の要求に応じられるようにしておけば対応できるとされています。

猶予措置が使えない場合

整備は済んでいるのに、やっていないだけ

システム等や社内のワークフローの整備が整っており、要件に従って保存できるにもかかわらず、資金繰りや人手不足等の理由がなく要件に従って保存していない場合は、猶予措置の適用を受けられません。

出力書面だけを保存している

データの保存に代えて出力書面のみを保存する対応は認められません。電子データ自体を保存したうえで、データと出力書面の両方を提示・提出できる必要があります。

出典：国税庁「電子帳簿保存法一問一答【電子取引関係】（令和8年7月）」

適用にあたって税務署への事前申請等の手続は必要ありません。ただし「申請がいらない」ことと「何もしなくていい」ことは別です。猶予措置を使っても、電子データそのものを残し、求められたときに出せる状態にしておく義務は消えません。

Shopifyの注文データは電子帳簿保存法の保存に足りる？

ここからがストア側の実務です。Shopifyに何が残っていて、何を自分で用意する必要があるのかを分けて考えます。

項目	Shopify側	ストア側でやること
注文データ	管理画面に保存	解約に備えて書き出す
注文CSV	エクスポートできる	索引簿として整える
請求書PDF	標準機能なし	アプリか手作業で用意
改ざん防止措置	提供なし	4つから選んで運用
保存期間の担保	解約後2年	7年分を自社で保持

注文データのCSVエクスポートは索引簿の材料になる

Shopifyの管理画面の注文管理ページからは、注文をCSVでエクスポートできます。最大50件または現在のページを選んだ場合は端末にダウンロードされ、51件以上または日付での抽出を選んだ場合はストアオーナーにメールで送られます。CSVには注文番号（Name）、注文が完了した日時（Created at）、合計金額（Total）、請求先の氏名（Billing Name）といった列が含まれます。

出典：Shopifyヘルプセンター「注文のエクスポート」

この3つの列は、そのまま検索要件の3項目（取引年月日・取引金額・取引先）に対応します。国税庁も、専用のソフトウェアを使っていない場合にエクセル等で一覧表を作って検索要件を満たす方法を示しています。注文CSVは、その一覧表の下ごしらえとして使えます。

ただし、CSVを書き出しただけでは要件は埋まりません。 CSVは索引であって、取引情報そのものの保存でも、改ざん防止措置でもありません。 実際にやり取りしたPDFやメールのデータを残したうえで、一覧から目的のファイルにたどり着けるようにする必要があります。

海外のサーバにデータがあっても大丈夫？

大丈夫です。国税庁は、保存場所に備え付けられている電子計算機とサーバが通信回線で接続されているなどにより、保存場所において電磁的記録をディスプレイの画面および書面に速やかに出力できるときは、クラウドサービスを利用する場合やサーバを海外に置いている場合でも、その電磁的記録は保存場所に保存等がされているものとして取り扱われるとしています。Shopifyのようなクラウド型のカートを使っていること自体は、問題になりません。

ストアを解約したら、データはどうなる？

ここが実務でいちばん危ないところです。Shopifyは、ストアを無効化する場合、ストアを再開する場合に備えてストアの情報は 2年間 保証されるとしています。あわせて、プランをキャンセルするとすべてのアプリが自動的にアンインストールされるとも書かれています。

出典：Shopifyヘルプセンター「Shopifyストアの解約と再開」

一方、税法上の保存期間はもっと長く設定されています。法人は原則7年（青色申告書を提出した事業年度で欠損金額が生じた事業年度などは10年）、個人事業者の青色申告者は帳簿や決算関係書類が7年、請求書や見積書などその他の書類が5年です。そして、インボイス発行事業者として交付した適格請求書の写しや提供した電磁的記録は、これにかかわらず7年間の保存が必要とされています。

Shopifyのデータ保証は解約後2年、税法の保存期間は最長10年。 この差は、ストアを畳んだあとに効いてきます。 閉店や乗り換えを決めてから慌てるのではなく、運用中から定期的に自社のストレージへ書き出しておいてください。

Shopifyで電子帳簿保存法に対応する手順は？

ここまでを、着手できる順番に並べ直します。

1
何を授受しているか棚卸しする
注文確認メール、発行した請求書・領収書のPDF、仕入先から届く請求書、配送業者や広告サービスの明細。売上側と経費側の両方を洗い出します。紙で受け取っているものと、データで受け取っているものを分けます。
2
保存場所を1か所に決める
クラウドストレージのフォルダでも、帳票アプリの中でもかまいません。取引先や書類の種類ごとに保存先が分かれること自体は認められていますが、どこに何があるか分かるように管理しておく必要があります。
3
改ざん防止の措置を選ぶ
費用をかけずに始めるなら事務処理規程です。国税庁のWordサンプルを埋めて、備え付けて、運用します。訂正・削除の申請手順まで決めておきます。
4
検索要件に当てはまるか確認する
前々年（前々事業年度）の売上高が5,000万円以下なら、ダウンロードの求めに応じられるようにしておくことで検索機能の確保は不要です。超えるなら、ファイル名のルール化かエクセルの索引簿、または検索機能を持つアプリを用意します。
5
定期的に書き出す
Shopifyの注文CSVと、発行した帳票のPDFを定期的に自社のストレージへ退避します。アプリを乗り換えても、ストアを閉じても、控えが手元に残る状態にしておきます。

ファイル名の付け方には国税庁の例があります。2021年（令和3年）1月31日付の株式会社霞商店からの110,000円の請求書データなら「20210131_㈱霞商店_110000」。日付は和暦でも西暦でもかまいませんが、混在は抽出の妨げになるのでどちらかに統一します。

出典：国税庁「電子帳簿保存法一問一答【電子取引関係】（令和8年7月）」

アプリを入れれば電子帳簿保存法に対応できる？

できません。ここは誤解が多いので、はっきり書いておきます。

電子帳簿保存法に対応するのは事業者であって、アプリではありません。 アプリが提供できるのは、検索の条件に3項目を設定できる台帳や、一覧をCSVで書き出す機能といった「部品」までです。どの改ざん防止措置を選ぶか、規程を備え付けて運用するか、保存期間のあいだデータを保持し続けるか。これらは事業者側にしか決められません。「電帳法対応」と書かれたアプリを入れた時点で終わり、という話ではないのです。

任せられる：発行した帳票を日付・金額・取引先で検索できる状態にすること
任せられる：一覧をCSVで書き出して索引簿の材料にすること
任せられない：改ざん防止措置をどれにするかの選択と、規程の運用
任せられない：仕入先から届く請求書など、ストア外のデータの保存
任せられない：解約後や乗り換え後も控えを残し続けること

まるっと請求書の場合

わたしが開発しているまるっと請求書も、やれるのは上の「部品」の範囲です。Basicプラン（月$9.99）以上で、発行済みの帳票を取引年月日の期間・取引金額のレンジ・取引先名の部分一致で絞り込めます。検索結果はCSVでも書き出せます。無料プランは請求書5件までで、カード登録は不要です。

出典：Shopify App Store「まるっと請求書｜インボイス・B2B」（2026年9月20日確認）

弱点も書いておきます。

できること

検索要件の3項目で絞り込める

取引年月日（期間指定）、取引金額（下限・上限）、取引先名（部分一致）で発行済みの帳票を探せます。検索条件はURLに残るので、ブックマークもできます。

一覧をCSVで書き出せる

請求書番号・発行日・取引先名・税率別の内訳・合計などの列で出力します。UTF-8のBOM付きなので、Excelで開いても文字化けしません。

できないこと・弱いところ

メール送信機能がない

帳票をメールで自動送信する機能は、方針として実装していません。お客様には注文履歴からのセルフ発行や、Shopifyの通知メールに貼ったリンクから取得してもらう形になります。

会計ソフトとのAPI自動同期がない

弥生・freee・マネーフォワード向けの仕訳CSVを書き出せますが、APIでつないで自動で同期する機能はありません。取り込みは手動です。

実績がまだ少ない

レビューは1件・★5.0（2026年9月20日にApp Storeで確認）。同じカテゴリーのOrder Printer Pro（2,903件）のような実績はなく、Built for Shopifyバッジも取得していません。

会計ソフト側の取り込みまで含めた流れはShopifyと会計ソフトを連携する方法に、Shopifyでいう「請求書」が3種類あって混ざりやすい件はShopifyの請求書は3種類あるにまとめてあります。

よくある質問

取引情報が記載されているものは保存対象です。国税庁は、電子メールにより取引情報を授受する取引（添付ファイルによる場合を含む）を電子取引の例に挙げています。一方で、すべてのメールを保存しなければならないわけではありません。取引情報が含まれないやり取りまで残す必要はない、という整理です。判断に迷うものは、税理士に実物を見せて相談してください。

足りません。2024年1月1日以後に行う電子取引については、データの保存に代えて出力書面のみを保存する対応は認められていません。猶予措置を使う場合でも、電子データ自体を保存したうえで、データと出力書面の両方を提示・提出できる状態にしておく必要があります。

いいえ。免除されるのは検索機能の確保だけです。電子データそのものの保存と、改ざん防止の措置（タイムスタンプ、訂正削除の履歴が残るシステム、事務処理規程のいずれか）は、売上規模にかかわらず必要です。また免除を受けるには、税務職員によるダウンロードの求めに応じられるようにしておくことが前提になります。

かまいません。国税庁は、授受したデータの様態に応じて複数の改ざん防止措置が混在しても差し支えないとしています。保存場所も、取引先ごとや書類の種類ごとに分かれること自体は認められています。ただし、どのデータがどこにあるか分かるように管理しておく必要があります。

アプリをアンインストールすると、そのアプリの画面からは見られなくなるのが普通です。保存義務は事業者側に残るので、乗り換える前に帳票のPDFと一覧のCSVを書き出して、自社のストレージへ移しておいてください。Shopifyはプランをキャンセルするとすべてのアプリが自動的にアンインストールされるとしているので、ストアを閉じるときも同じ準備が必要です。

電子取引データの保存について、事前の届出や承認は不要です。猶予措置の適用を受けるにあたっても、税務署への事前申請等の手続は必要ないと国税庁は明記しています。要件を満たしているかどうかは、税務調査のときに確認されます。