How to Connect Shopify with Accounting Software (freee, Yayoi, MoneyForward)
Shopifyでストアを運営していると、避けて通れないのが 経理作業 です。
売上、決済手数料、送料、割引。毎日発生する取引をひとつひとつ手入力していたら、それだけで日が暮れてしまいます。確定申告の時期に慌てて1年分をまとめて処理する、なんて経験をした方もいるのではないでしょうか。
わたし自身、以前ECサイトの運営をしていたとき「会計処理はあとでまとめてやればいい」と後回しにしていた時期がありました。結果、確定申告の直前に地獄を見ました。あの経験があるからこそ、会計ソフトとの連携は早めに設定しておくことを強くおすすめします。
この記事では、Shopifyと3大クラウド会計ソフト（freee・弥生会計・マネーフォワード）の連携方法を、2026年4月時点の最新情報をもとに解説します。
- クラウド会計ソフト
インターネット上で利用できる会計ソフトのこと。銀行口座やクレジットカードの取引を自動で取り込み、仕訳を効率化できます。個人事業主から法人まで、確定申告や決算書の作成に広く利用されています。代表的なサービスにfreee、弥生会計オンライン、マネーフォワード クラウドがあります。
なぜ会計ソフトとの連携が必要なのか
Shopifyの管理画面では売上レポートや決済データを確認できますが、 会計帳簿としては使えません 。確定申告や法人決算には、勘定科目ごとに仕訳された帳簿データが必要です。
手作業での記帳がどれくらい時間を食うか、ざっくりと計算してみました。
連携方法は2パターンある
Shopifyと会計ソフトを連携する方法は、大きく分けて 2つ あります。
どちらの方法でも、Shopifyアプリストアの連携アプリを使うのが基本です。以下、会計ソフトごとに具体的な連携方法を見ていきます。
freee会計との連携
出典：freee会計
freeeはShopifyとの連携が もっとも充実 している会計ソフトです。API経由の自動連携に対応しており、一度設定すれば毎日の仕訳を自動化できます。
連携アプリの選択肢
freee連携の設定手順
- 1
Shopifyアプリストアからアプリをインストール
「かんたんfreee会計データ連携」をShopifyアプリストアで検索し、「アプリを追加」をクリック。ストアへのアクセス権限を確認して「インストール」。 - 2
freeeアカウントと接続
アプリの設定画面で「会計freeeに接続する」をクリック。freeeのログイン画面が表示されるので、連携したい事業所のアカウントでログインし、アクセスを許可。 - 3
勘定科目を設定
売上・決済手数料・送料・割引など、各項目に対応する勘定科目を設定。たとえば売上は「売上高」、決済手数料は「支払手数料」など。 - 4
連携モードを選択
自動連携（日次）または手動連携を選択。自動連携を選ぶと、毎日決まった時間にデータがfreeeへ送信されます。 - 5
テスト連携を実行
設定が終わったら、過去のテスト期間を指定して手動連携を実行。freee側で正しく仕訳されているか確認。
freeeとの連携では、インボイス制度に対応した 適格請求書の登録番号 もアプリ側で設定できます。税区分（10%・8%軽減税率）の自動判定にも対応しているので、設定時に確認しておきましょう。
弥生会計との連携
出典：弥生会計オンライン
弥生会計オンラインはShopifyとの直接的なAPI連携には対応していません。連携アプリからCSVファイルを出力し、弥生の 「スマート取引取込」 機能でインポートする方法が一般的です。
連携に使えるアプリ
弥生会計への取り込み手順
- 1
ShopifyアプリでCSVを出力
「CSVダウンロード」などのアプリで、出力期間と税区分を指定してCSVファイルをダウンロード。 - 2
弥生会計オンラインにログイン
弥生会計オンラインの管理画面にアクセス。 - 3
スマート取引取込からインポート
「設定」→「スマート取引取込」→「CSVファイル取込」を選択し、ダウンロードしたCSVをアップロード。 - 4
仕訳内容を確認して登録
取り込まれたデータの勘定科目や金額を確認し、問題なければ仕訳として登録。
弥生会計との連携はCSV経由のため、 完全な自動化はできません 。月1回や週1回など、定期的にCSVを出力してインポートする運用を決めておくのがポイントです。
マネーフォワード クラウドとの連携
マネーフォワード クラウド会計・確定申告は、2023年6月にShopifyとの 直接データ連携を終了 しています。ShopifyのAPI仕様変更が理由で、公式の自動連携は利用できません。
出典：「Shopify」とのデータ連携終了について - マネーフォワード
現在の連携方法は、弥生会計と同様に CSV経由のインポート が中心です。
マネーフォワード連携の手順
- 1
CSVダウンロードアプリをインストール
CSVダウンロードアプリには、マネーフォワード向けのCSVフォーマットが用意されています。 - 2
マネーフォワード向けCSVを出力
アプリの設定画面で出力フォーマットを「マネーフォワード」に指定し、期間を選択してCSVをダウンロード。 - 3
マネーフォワードで仕訳インポート
マネーフォワード クラウドの「仕訳」→「インポート」からCSVファイルをアップロード。 - 4
内容を確認して登録
取り込まれた仕訳データを確認し、登録。
マネーフォワードは銀行口座やクレジットカードとの自動連携には強いサービスです。Shopifyからの直接連携はできなくても、 Shopify Paymentsの入金先口座を連携 しておけば、入金ベースでの記帳は自動化できます。売上の明細管理にはCSV連携を使い、入金確認は口座連携に任せる、という使い分けが現実的です。
3つの会計ソフト、結局どれを選ぶべき？
Shopifyとの連携のしやすさだけで比較すると、freeeが頭ひとつ抜けています。ただし、会計ソフトの選択は連携だけで決めるものではありません。
- Shopify連携の手間を最小限にしたい → freee（自動連携対応）
- コストを抑えたい・税理士が弥生を使っている → 弥生会計オンライン
- すでにマネーフォワードを使っている → CSV連携＋口座連携で継続利用
- 複数ECサイトを運営している → マネーフォワードまたはfreee（連携先が多い）
連携時に設定しておきたい勘定科目
会計ソフトとの連携で意外とつまずくのが、 勘定科目の設定 です。Shopifyの各データ項目をどの勘定科目に紐づけるか、基本的なパターンを整理しておきます。
| Shopifyのデータ | 勘定科目（例） | 補足 |
|---|---|---|
| 商品売上 | 売上高 | 税込・税抜の設定に注意 |
| 送料（顧客負担） | 売上高 or 立替金 | 処理方法は税理士に確認を |
| 決済手数料 | 支払手数料 | Shopify Paymentsの手数料 |
| 割引・クーポン | 売上値引 | マイナス仕訳になる |
| 返金 | 売上戻り高 | 返品・返金処理 |
| Shopify月額料金 | 通信費 or 支払手数料 | 経費として計上 |
勘定科目の設定は、ストアの業種や規模によって適切な処理が異なります。とくに送料の処理（売上に含めるか、立替金とするか）はケースバイケースなので、 税理士に相談して決める のが安全です。この記事の内容は一般的な例であり、税務上の判断を保証するものではありません。
よくある質問
freeeとの連携アプリ「かんたんfreee会計データ連携」には無料プランがあり、過去3か月分・月50件までの連携が可能です。ただし注文件数が多いストアでは有料プランが必要です。弥生・マネーフォワードとのCSV連携に使う「CSVダウンロード」アプリも、会計向けCSV出力は有料プランの機能となっています。
はい、過去の注文データを遡って連携できます。freee連携アプリの有料プランでは過去データの無制限連携に対応しています。CSV連携の場合も、Shopify側で過去の注文データをエクスポートできるので、遡っての取り込みは可能です。ただし件数が多いと手間がかかるため、早めの設定がおすすめです。
freee連携アプリでは、適格請求書発行事業者の登録番号を設定でき、税区分（10%・8%軽減税率）の自動判定にも対応しています。弥生・マネーフォワードについても、各会計ソフト側でインボイス対応の機能が提供されているので、CSV取り込み後に適切な設定をすれば対応可能です。
アプリによって対応状況が異なります。多くの連携アプリはオンライン注文を対象としており、Shopify POSの実店舗売上については個別に確認が必要です。POSの売上も同じShopifyの注文データとして扱われるため、対応しているアプリであれば連携可能です。
まとめ
Shopifyと会計ソフトの連携は、ストア運営の裏側を支える大切なインフラです。
- 01
freee
自動連携アプリが充実。設定すればほぼ手放しで仕訳が完了する。Shopifyとの相性は最も良い。 - 02
弥生会計
CSV連携が中心。手間はかかるが、コスパと税理士との連携に強み。 - 03
マネーフォワード
直接連携は終了したが、CSV＋口座連携で実用的に運用できる。
どの会計ソフトを使うにしても、大切なのは 「早めに設定して、日々の記帳を溜め込まない」 こと。確定申告の直前に1年分をまとめて処理する苦行は、連携アプリひとつで回避できます。
まだShopifyストアを持っていない方は、まずは無料体験から始めてみてください。会計ソフトとの連携も、ストアを開設してからすぐに設定できます。
決済手数料の比較が気になる方は、こちらの記事も参考にどうぞ。
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